曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。
面对众多前来求助的风湿病患者，北京协和医院风湿免疫科紧抓高质量医疗服务不放松。针对门诊及住院患者中的疑难病例，科室每周组织专业组查房进行集中会诊；陆续开展线上诊疗、视频三级查房，确保患者就医的连续性；建立完善多个专病门诊，缩短患者诊疗周期，改善患者就诊体验……
重视科研是协和风湿免疫科的传统。科室1979年起就率先在全国进行自身抗体检测的研究。1988年，“抗核抗体谱的建立及临床应用研究”获国家科技进步三等奖；1995年，“原发性干燥综合征的系列研究”获国家科技进步三等奖；近年来，获北京市科学技术奖、中华医学科技奖、华夏医学科技奖等省部级奖项共计13项。